MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Yersinia pestis Nepal516 plasmid pPCP

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008119	GCC	2	6	209	214	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	108793838
2	NC_008119	CGC	2	6	223	228	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	108793838
3	NC_008119	CTG	2	6	232	237	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793838
4	NC_008119	TCGC	2	8	322	329	0 %	25 %	25 %	50 %	108793838
5	NC_008119	CATT	2	8	376	383	25 %	50 %	0 %	25 %	108793838
6	NC_008119	TC	4	8	387	394	0 %	50 %	0 %	50 %	108793838
7	NC_008119	CAGGAG	2	12	402	413	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	108793838
8	NC_008119	GTTCG	2	10	420	429	0 %	40 %	40 %	20 %	108793838
9	NC_008119	GAC	2	6	442	447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793838
10	NC_008119	CTT	2	6	599	604	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108793838
11	NC_008119	TGG	2	6	605	610	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	108793838
12	NC_008119	CG	3	6	616	621	0 %	0 %	50 %	50 %	108793838
13	NC_008119	TC	3	6	730	735	0 %	50 %	0 %	50 %	108793838
14	NC_008119	AAGGT	2	10	769	778	40 %	20 %	40 %	0 %	108793838
15	NC_008119	GCTG	2	8	889	896	0 %	25 %	50 %	25 %	108793838
16	NC_008119	AGC	2	6	964	969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793838
17	NC_008119	A	6	6	996	1001	100 %	0 %	0 %	0 %	108793838
18	NC_008119	TGA	2	6	1019	1024	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793838
19	NC_008119	CAT	2	6	1056	1061	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793838
20	NC_008119	TGA	2	6	1101	1106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793838
21	NC_008119	AGCGC	2	10	1169	1178	20 %	0 %	40 %	40 %	108793839
22	NC_008119	GAA	2	6	1247	1252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793839
23	NC_008119	TCA	2	6	1264	1269	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793839
24	NC_008119	CGG	2	6	1308	1313	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793839
25	NC_008119	CTCA	2	8	1384	1391	25 %	25 %	0 %	50 %	108793839
26	NC_008119	CAG	3	9	1512	1520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793839
27	NC_008119	ACG	2	6	1568	1573	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793839
28	NC_008119	C	6	6	1593	1598	0 %	0 %	0 %	100 %	108793839
29	NC_008119	TCA	2	6	1605	1610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793839
30	NC_008119	TGA	2	6	1612	1617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793839
31	NC_008119	TCAG	2	8	1635	1642	25 %	25 %	25 %	25 %	108793839
32	NC_008119	GAA	2	6	1643	1648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793839
33	NC_008119	TTC	2	6	1658	1663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108793839
34	NC_008119	GCA	2	6	1754	1759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793839
35	NC_008119	TCAAA	2	10	1807	1816	60 %	20 %	0 %	20 %	108793839
36	NC_008119	CAGA	2	8	1834	1841	50 %	0 %	25 %	25 %	108793839
37	NC_008119	AACA	2	8	2922	2929	75 %	0 %	0 %	25 %	108793845
38	NC_008119	ACA	3	9	2927	2935	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793845
39	NC_008119	CGA	2	6	3011	3016	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793845
40	NC_008119	GGC	2	6	3020	3025	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793845
41	NC_008119	TG	3	6	3028	3033	0 %	50 %	50 %	0 %	108793845
42	NC_008119	GAA	2	6	3054	3059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793845
43	NC_008119	AACA	2	8	4089	4096	75 %	0 %	0 %	25 %	108793846
44	NC_008119	ACA	3	9	4094	4102	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793846
45	NC_008119	CGA	2	6	4178	4183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793846
46	NC_008119	GGC	2	6	4187	4192	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793846
47	NC_008119	TG	3	6	4195	4200	0 %	50 %	50 %	0 %	108793846
48	NC_008119	GAA	2	6	4221	4226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793846
49	NC_008119	CAA	2	6	6050	6055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793840
50	NC_008119	TAT	2	6	6056	6061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108793840
51	NC_008119	CCT	2	6	6332	6337	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	108793840
52	NC_008119	ATA	2	6	6351	6356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108793840
53	NC_008119	CTA	2	6	6475	6480	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793840
54	NC_008119	CAA	2	6	6548	6553	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793840
55	NC_008119	ACG	2	6	6564	6569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793840
56	NC_008119	TTA	2	6	6643	6648	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108793840
57	NC_008119	TCTT	2	8	6667	6674	0 %	75 %	0 %	25 %	108793840
58	NC_008119	ACC	2	6	7014	7019	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	108793840
59	NC_008119	CAAAA	2	10	7284	7293	80 %	0 %	0 %	20 %	108793841
60	NC_008119	CTG	2	6	7330	7335	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793841
61	NC_008119	GAA	2	6	7360	7365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793841
62	NC_008119	AC	3	6	7400	7405	50 %	0 %	0 %	50 %	108793841
63	NC_008119	A	7	7	7527	7533	100 %	0 %	0 %	0 %	108793841
64	NC_008119	GAA	2	6	7829	7834	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793842
65	NC_008119	GCA	2	6	7884	7889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793842
66	NC_008119	AT	3	6	7909	7914	50 %	50 %	0 %	0 %	108793842
67	NC_008119	GAA	2	6	7996	8001	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793842
68	NC_008119	AT	3	6	8053	8058	50 %	50 %	0 %	0 %	108793842
69	NC_008119	ATGA	2	8	8148	8155	50 %	25 %	25 %	0 %	108793842
70	NC_008119	AATC	2	8	8157	8164	50 %	25 %	0 %	25 %	108793842
71	NC_008119	CTCAT	2	10	8180	8189	20 %	40 %	0 %	40 %	108793842
72	NC_008119	CAG	2	6	8278	8283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793842
73	NC_008119	GGT	2	6	8319	8324	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	108793842
74	NC_008119	TAA	2	6	8336	8341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108793842
75	NC_008119	AT	3	6	8411	8416	50 %	50 %	0 %	0 %	108793842
76	NC_008119	ATT	2	6	8462	8467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108793842
77	NC_008119	ATG	2	6	8500	8505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793842
78	NC_008119	GA	3	6	8516	8521	50 %	0 %	50 %	0 %	108793842
79	NC_008119	TTA	2	6	8555	8560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108793842
80	NC_008119	TACA	2	8	8621	8628	50 %	25 %	0 %	25 %	108793842
81	NC_008119	ATG	2	6	8635	8640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793842
82	NC_008119	AGG	2	6	8648	8653	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	108793842
83	NC_008119	TGC	2	6	8705	8710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793842
84	NC_008119	CGG	2	6	8740	8745	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793842
85	NC_008119	TCCT	2	8	8972	8979	0 %	50 %	0 %	50 %	108793843
86	NC_008119	GCT	2	6	9065	9070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793843
87	NC_008119	CTG	2	6	9083	9088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793843
88	NC_008119	TTC	2	6	9138	9143	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108793843
89	NC_008119	CAT	2	6	9147	9152	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793843
90	NC_008119	ATC	2	6	9172	9177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793843
91	NC_008119	GT	3	6	9265	9270	0 %	50 %	50 %	0 %	108793844
92	NC_008119	CGA	2	6	9366	9371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793844
93	NC_008119	TCT	2	6	9543	9548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108793844
94	NC_008119	GTC	2	6	9563	9568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793844

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.